Au lycée Hakoniwa, les élèves peuvent exprimer leurs préoccupations à chaque heure de la journée et sept jours sur sept en les déposant par écrit dans la boîte de réclamations, la Mégaka-box. Le combat quotidien de la présidente du Conseil des étudiants, Médaka Kurokami, pour résoudre les problèmes des éléves est sur le point de commencer.