En 1964, dans une école catholique du Bronx, un prêtre, le Père Flynn, chargé de l’enseignement religieux, assume aussi les fonctions de professeur de sport. La directrice, Sœur Aloysius, le soupçonne d’entretenir des rapports ambigus avec un pensionnaire de l’établissement. Cherchant à l’éloigner du jeune garçon, elle tente de convaincre sa mère, Madame Muller, et la jeune Sœur James de la culpabilité du prêtre. Mais les accusations qui pèsent sur lui sont-elles seulement fondées?