Un trafic de virus se déroule en Russie la veille de Noël sans que l'on en connaisse les raisons. Deux indices : une femme sans scrupule appelée Maya et le nom de code du projet : Bloody Monday. Loin de là, à Tokyo, un incident survient. Parce que c'est un petit génie du hacking, Fujimaru Takagi, un lycéen en seconde année à l'académie Mishiro, est chargé par le Bureau d'investigation de la sécurité publique de découvrir qui se cache sous ce nom de code. Maya tente alors de se rapprocher de lui en devenant un de ses professeurs...