La Terre est sur le point d'être envahie. L'avant-garde extraterrestre est déjà infiltrée sur la planète. Le sergent Keroro, une grenouille verte extraterrestre, se fait démasquer par Fuyuki et Natsumi, les enfants de la famille Hinata. Sa mission annulée, Keroro se voit dans l'obligation de séjourner chez les Hinata, le temps pour lui de reprendre contact avec son peuple.