Le sergent Keroro, une grenouille extraterrestre à l'humour corrosif, débarque avec l'intention d'envahir la Terre. Démasqué par la famille Hinata, il se voit contraint de cohabiter avec eux. Mais il n'est pas le seul extraterrestre de la partie et les Hinata vont défendre la planète contre ces drôles d'envahisseurs.