Jack, un jeune orphelin acadien, se retrouve enrôlé de force par la marine marchande britannique. Il est, parmi des milliers, une victime du Grand dérangement, épisode douloureux de l'histoire américaine, au cours duquel les anglais déportèrent les habitants de l'Acadie vers leurs colonies de la côte Atlantique. Canoe Bay retrace l'histoire de cet enfant soumis aux terribles conditions de la vie sur le Virginia, dont l'équipage, composé d'anciens bagnards emmenés par le bien nommé Lucky Roberts, se mutine bientôt. Devenus pirates, Jack et les siens devront apprendre à se méfier des Anglais, des Français, et de quelques faux frères de la côte.