Ghost Dog vit au milieu d'une volée de pigeons, sur le toit d'un immeuble abandonné. Bercé par un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui vénère un livre : "Hagakure". De même, il reste fidèle à son maître, un mafieux de seconde zone qui lui a sauvé la vie. Le jour où son code moral est trahi, Ghost Dog va réagir avec radicalité : par l'élimination totale.