Un être mystérieux connu sous le nom du Time Trapper apparaît, et un plan diabolique monté par Lex Luthor fait voyager La Ligue du Malheur à travers le temps afin d’exterminer Superman, Wonder Woman et Batman avant qu’ils ne puissent devenir des Super-Héros. Pour Aquaman, Flash et Cyborg, avec à leurs côtés les jeunes Super-Héros Karaté Kid et Dawnstar, l’enjeu est de taille et la mission de sauvetage est plus dangereuse que jamais.