Histoire commence en Grèce en 1900, un scaphandrier découvre des statues... bien des années plus tard, la Calypso reprend les recherches La mission archéologique de l'équipe Cousteau en mer Egée, racontée dans Le Mystère de l'Atlantide (1ère partie), se poursuit ici, dans l'île de Dia en Crète. Au cours d'un véritable voyage dans le temps, le commandant Cousteau et ses hommes découvrent les vestiges de la brillante civilisation minoenne, anéantie il y a 3500 ans par une formidable éruption volcanique.