Au milieu du XVIème siècle, Zénon, alchimiste et écrivain, revient clandestinement à Bruges où ses idées déplaisent à l'Inquisition. Grâce à des protecteurs, dont le Prieur des Cordeliers, Zénon parvient à ouvrir une clinique pour les pauvres et à y exercer la médecine. Zénon découvre des secrets compromettants pour l'Église. Son protecteur, mourant, le supplie de fuir vers Londres...