Vous êtes un agent temporel de la TIME, une organisation au service de l'humanité. Le voyage dans le temps est désormais une réalité et vous en êtes un des régulateurs. Suite à des événements récents, la TIME a dû modifier son fonctionnement en profondeur. Elle s'appuie toujours sur l'utilisation des réceptacles, mais le voyage dans le temps emploie désormais une technologie mêlant la science très avancée du XXIIe siècle à d'étranges méthodes ésotériques transmises par les mystérieux Syaans. Dans The Hadal Project, votre mission vous enverra dans le futur, en 2099, vers une base sous-marine au fond de l’océan Atlantique, pour enquêter sur une mystérieuse épidémie qui dévaste l’humanité.