Rintaro Okabe est un jeune chercheur, à la tête d’une petite équipe de surdoués. Se proclamant lui-même un ±?savant fou?», il est convaincu qu’une mystérieuse société secrète complote pour plier le monde à sa volonté. Par le plus pur des hasard, son équipe met au point un système révolutionnaire, capable d’envoyer des messages dans le passé ! Sans songer aux conséquences, Rintaro et ses équipiers se mettent à expérimenter leur système, et, d’une modification à l’autre, finissent par altérer drastiquement leur présent et leurs propres destins. Pour sauver son équipe d’une mort désormais certaine, Rintaro doit ramener le passé à sa situation d’origine.