Toulon, le 19 mai 1798. 40 000 soldats, 10 000 marins et 167 scientifiques et artistes – dont les renommés Monge, Berthollet et Denon – se lancent à l'assaut des flots. Parmi eux, de nombreux étudiants des grandes écoles, tels les polytechniciens Édouard de Villiers et Jean-Baptiste Prosper Jollois. Bonaparte, qui s'est illustré en Italie, s'empare de Malte avant de débarquer dans la tempête à Alexandrie. Ce brillant général en chef, qui se proclame "fils du prophète et de la Révolution venu délivrer les Égyptiens de la tyrannie des mamelouks", projette une installation durable, afin de barrer la route des Indes aux Anglais et de propager l'esprit des Lumières. Après la prise triomphale du Caire, les Français subissent une attaque cataclysmique dans la baie d'Aboukir : leur flotte est coulée par l'amiral Nelson, anéantissant tout espoir de retour. Malgré ce revers, le 21 août, Bonaparte fonde l'Institut d'Égypte, organisé en quatre sections : mathématiques, physique, économie politique, littérature et arts. Mais si la visite en grande pompe de la pyramide de Kheops accouche du premier chantier archéologique au monde, les savants français se consacrent surtout au soutien logistique de l'armée : fabrication de poudre, de bière, clarification des eaux du Nil, projet de percement de l'isthme de Suez… Ils doivent même prendre les armes lors de l'insurrection des Cairotes, le 21 octobre 1798.