Dans un Japon féodal peuplé de créatures fantastiques, un démon décide de reforger une armée ancienne très puissante pour conquérir le monde. La légende dit que seul un véritable guerrier sans peur pourra l'arrêter. Au même moment, sur une autre île, naît Issunboshi, un jeune garçon d'à peine quelques centimètres. Malgré sa petite taille, il suit l'entraînement pour devenir samouraï.