Douze ans se sont écoulés depuis que le Démon Renard à neuf queues a saccagé le village de Konoha et a été scellé dans le fils du quatrième Hokage : Naruto Uzumaki. Orphelin et exclu par les habitants du village depuis ce macabre événement, Naruto rêve de devenir le prochain maître Hokage afin d'être enfin accepté. Afin de parvenir à son but, il suit une formation de ninja et fait équipe avec Sakura Haruno, la fille dont il est amoureux et Sasuke Uchiwa, son grand rival. Heureusement que leur enseignant Kakashi Hatake sera à leurs côtés pour les canaliser.