Ce roman est basé sur un fait historique aussi authentique qu'oublié : pendant le XVIe siècle, la baie de Rio, au Brésil, a été colonie française. Dans cette région qui produisait une teinture rouge très recherchée, le " rouge du Brésil ", un chevalier de Malte, l'extravagant Yves de Villegagnon (lui aussi bien réel) débarque en 1555 pour tenter d'établir une colonie pour le compte du roi de France. La confrontation sera bientôt très difficile entre cette petite société européenne et les Indiens cannibales qui peuplent la région. Cette microsociété déchirée, qui annonce les futures guerres de Religion, est vue par les yeux de deux enfants, Just et Colombe, emmenés de force vers le Brésil pour servir d'interprètes auprès des tribus indiennes. Basé sur de nombreux documents d'époque, Rouge Brésil est un roman d'éducation et d'amour, un roman d'aventure, et aussi une réflexion sur les rapports entre l'homme et la nature.