Arghal et Gaz, sa petite grenouille naturaliste qui collectionne les fossiles, sont embarqués sur un voilier pour une expédition scientifique. Pris dans une forte tempête, ils sont jetés à la mer et secourus par Pagos, la tortue géante, qui va les conduire sur la mystérieuse île Noire. Sur cette île inquiétante bordée de sable noir et gardée par des iguanes géants, les habitants pensent que les différentes espèces ont été créés par le "grand oiseleur", mais Gaz le scientifique, lui, n'en est pas si sûr...