Tandis qu'un complexe touristique sur le point d'être construit sur l'île d'Hatena-Jima sème la discorde entre les insulaires partisans du projet et les opposants, Chiharu Kanô et son ami Rindô tentent de percer le mystère de l'archipel et de découvrir le fossile de ptérodactyle reposant dans les profondeurs. Les tensions sur l'île s'entremêlent aux évènements ancestraux qui refont surface.