Dans l'histoire maya, deux villes célèbres, Tikal et Calakmul, s'opposent pendant des centaines d'années. Profitant de cette rivalité, une troisième ville a su se développer et accéder au statut de cité Etat. Naachtun, que l'on appelait alors "le royaume de la chauve-souris", et qui jusqu'à aujourd'hui n'avait pas été localisée, a assisté à la chute de ses rivales, leur a survécu pendant deux cent ans, faisant d'elle la dernière ville maya avant de disparaître à son tour. "Naachtun, la cité maya oubliée" tente de résoudre cette énigme et de lever le voile sur un pan caché de l'histoire de cette civilisation, au fil des découvertes survenant lors des fouilles menées par une équipe d'archéologues. Outre la culture imposante du monde précolombien, le film s'intéresse aussi à un aspect méconnu du monde maya : la relation étroite entre l'homme et son environnement et au monde de la forêt tropicale, aux croyances qu'elle a suscitées.