Kubo, un jeune garçon aussi intelligent que généreux, vit avec sa mère dans un petit village de bord de mer. Il gagne chichement sa vie grâce à son don pour conter des histoires en donnant vie à des origamis. Mais cette existence paisible est bouleversée quand, par erreur, il invoque un démon assoiffé de vengeance. Kubo s'engage alors dans une quête épique pour percer le secret de la chute de son père, le plus grand samouraï que le monde ait jamais connu, ainsi que pour découvrir ses propres pouvoirs magiques.