Thomas, un adolescent, se réveille amnésique dans un étrange endroit à ciel ouvert entouré de hauts murs, et où vivent cinquante autres garçons. Ce lieu mystérieux donne accès à un labyrinthe, dont les plans sont modifiés chaque nuit. Quiconque s'y est aventuré n'est jamais reparu, d'autant que des des créatures menaçantes y rôdent. Grâce à quelques bribes de mémoire qui lui reviennent à travers des rêves concernant une organisation secrète appelée W.C.K.D., et à des indices trouvés au sein du labyrinthe, Thomas va tenter de trouver un moyen de s'échapper, avec l'aide de la bande des garçons...