L'alchimie est la science mystique de la transmutation. Les meilleurs alchimistes sont capables de décomposer la matière et de la reconstruire en respectant la "loi de l'échange équivalent" pour donner naissance à des choses merveilleuses. Toutefois, il existe un tabou qui ne peut en aucun cas être transgressé : l'alchimie humaine. Les frères Edward et Alphonse Elric ont enfreint cet interdit en tentant de ramener leur mère à la vie. En conséquence, ils ont tout perdu. Ed a perdu un bras et une jambe qu'il a dû remplacer par des auto-mail mécaniques. Quant à Al, il n'a plus que son âme, qui a été transféré dans une armure. Afin de retrouver leurs corps, les deux frères se lancent dans un périlleux voyage à la recherche de la légendaire Pierre Philosophale.