Abandonnés sur une île déserte, Ryota et Himiko ont pu survivre jusqu’ici grâce aux BIM qu’ils manient avec une grande dextérité. Ils font désormais face à un prétendu médecin d’une extrême violence, Masahito Daté. Ce personnage très informé des subtilités du jeu a en effet déjà participé à une précédente partie. Parvenus à sortir vivants du combat acharné qui les opposait à ce dernier, Ryota et Himiko décident de retourner auprès de leur ami Kiyoshi. Mais, gravement blessé et en plein délire, celui-ci semble avoir perdu la raison ! Un combat sans précédent se prépare dans Btooom! !