Dans un futur proche, les humains ont été forcés à l'exil par un parasite appelé Gastrea. Leur quotidien n'est désormais fait que de terreur et de désespoir. Rentaro, habitant de Tokyo et membre d'une organisation destinée à lutter contre le Gastrea, se trouve chargé des missions les plus dangereuses... Son but : sauver Tokyo d'une imminente destruction...