Kafka Tamura, quinze ans, s'enfuit de sa maison de Tokyo pour échapper à la terrible prophétie que son père a prononcé contre lui. Nakata, un vieil homme amnésique décide lui aussi de prendre la route.Leurs deux destinées s'entremêlent pour devenir le miroir l'une de l'autre tandis que, sur leur chemin, la réalité bruisse d'un murmure enchanteur.