C'est toujours un choc de voir ses parents rentrer à la maison avec un bébé dans les bras, surtout quand il porte une cravate, qu'il se balade avec un attaché-case et qu'il a la voix d'un quinquagénaire ! Si Tim, sept ans, ne voit pas d'un très bon oeil ce Baby Boss débarquer chez lui, il découvre qu'il a en réalité affaire à un espion et que lui seul peut l'aider à accomplir sa mission ultra secrète... Car Baby Boss se prépare à un affrontement titanesque entre les bébés et les Toutous, charmants petits chiots qui vont bientôt être vendus pour remplacer les bébés dans le coeur des parents !