Après une guerre terrible, Konoba connaît enfin le prospérité et le progrès. C'est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7ème Hokage. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyenne Classe afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Pendant les épreuves de l'examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu'à l'intervention de Sasuke. il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieuses agresseurs...