L'Alice Academy est une école prestigieuse, mais aussi à la discipline stricte, dans laquelle les étudiants apprennent à maîtriser des dons innés nommés "Alice" (télékinésie, voyance, création, voyage dans le temps,...). Mikan, en tentant de retrouver son amie Hotaru, y sera intégrée par la force des choses car elle semble renfermer un Alice extrêmement rare...