Il n'y a rien de plus précieux, de plus beau, de plus pur qu'un être humain. En même temps, rien n'est plus abject, plus infâme, plus stupide, plus pervers, plus avide et plus cruel. Ainsi s'exprime le médecin des pauvres Kyojô Niide, surnommé Barberousse, personnage bourru et haut en couleur, qui dirige son dispensaire d'une main de fer et prodigue des soins aux plus démunis des bas quartiers d'Edo. Pour lui, la maladie est d'abord affaire de misère et d'ignorance. Fraîchement émoulu d'une école de médecine hollandaise à Nagasaki, Noboru Yasumoto, qui rêve d'une carrière prestigieuse comme médecin du shogunat, se voit affecté à son grand dam au service de Barberousse. A son contact, le jeune docteur ambitieux va pourtant s'humaniser et tenter de comprendre les maux - à la fois physiques et sociaux - de ses patients : Oyumi, la nymphomane qui tue ses amants, Ino le charpentier qui se fiance compulsivement, ou le petit Chôji qui vole pour nourrir sa famille...