Lors d'une soirée costumée sur un vaisseau fantôme à laquelle Kogoro et Sonoko sont invités, le capitaine et hôte de la soirée est tué sous leurs yeux ! Et, incroyable, Shinichi Kudo apparaît! Pendant ce temps, le professeur Jodie, dont le comportement est de plus en plus étrange, emmène Ai Haibara en promenade... Aurait-elle été découverte par l'organisation des hommes en noir? Que va faire Conan...