Claire enseigne à L'Embellie, établissement associatif où l'on tente de mettre sur les rails de la vie active des jeunes gens en grande difficulté. Débordant de foi dans les pouvoirs de la bonté, elle s'épanouit au contact de ces élèves vulnérables. Mais avec l'arrivée au sein de sa classe du jeune Gabriel Noblet, Claire tombe dans une histoire aux conséquences irréparables. Sur les effets du soupçon et le poids du silence, Deux innocents explore les moindres faux plis du malentendu et de la fatalité.