Les conséquences de La Bataille de l'Atome se font sentir. L'école a bien changé et Kitty Pryde ainsi que les premiers X-Men rejoignent l'équipe de Cyclope ! Magnéto, quant à lui, part en mission en solo tandis que les X-Woman constatent l'apparition de nouveaux Inhumains. Pendant ce temps, les jeunes mutants se lancent dans une dangereuse aventure.