Dans "Majora's Mask" Link part à la recherche de Navy, sa fée dont il a été séparé lors de son dernier combat contre Ganondorf. Il croise alors le chemin d'un curieux personnage masqué nommé Skullkid... Dans "A link to the past", Link est appelé à l'aide dans son sommeil par Zelda, la princesse du royaume d'Hyrule. Elle a été faire prisonnière par Aghnim, au service du tyrannique Ganondorf...