Adolescente solitaire, Anna a perdu ses parents très jeune, et vit en ville avec ses parents adoptifs. Lorsque son asthme s'aggrave, sa mère adoptive l'envoie chez des parents, les Oiwa, qui vivent près de la mer dans un petit village au nord d'Hokkaïdo. Pour Anna, c'est le début d'un été d'aventures qui commence par sa découverte d'une grande demeure construite au coeur des marais, non loin du village. Même si elle semble avoir quelque chose de familier pour elle, La Maison des Marais, comme l'appellent les villageois, est inhabitée depuis bien longtemps. Et c'est là-bas qu'elle va faire la rencontre d'une étrange et mystérieuse fille : Marnie...