Tokyo, début des années 1940. Totto-Chan mène la vie dure à son institutrice. Incapable de se concentrer et d'une curiosité insatiable, elle se fait renvoyer de son école. Ses parents l'inscrivent alors dans une école spéciale où elle va apprendre à assumer ses échecs et gagner en autonomie. Elle va aussi faire l'expérience du racisme, de l'intolérance et de la guerre.