Les membres de UQ Holder sont tombés dans le piège de Baal mais ont réussi à se sortir de ce mauvais pas. Tôta, qui compte sauver Yukihime à l'aide du Mille Vincula, un artefact de Negi Springfield, part à l'assaut de Baal pour enfin libérer celle qu'il aime… Tous les numéros se dirigent vers Charon, le satellite de Pluton ! Mais Baal, puis Yolda, se dressent sur leur chemin et lancent leur sort le plus puissant, le Cosmo Entelecheia ! Alors que l'humanité est sur le point de s'éteindre, Tôta prend une décision inattendue…